Atelier de bioinformatique appliquée à la microbiologie environnementale
Le LMI LAPSE et le DP IAVAO ont organisé un atelier en Bioinformatique SENEBIO2015 "Traitement des données issues des nouvelles technologies de séquençage (NTS), application en microbiologie environnementale" avec le soutien du LMI PathoBios (Burkina Faso), de l'IRD, du Cirad, de l'UCAD et de l'ISRA.
De part leurs activités, les microorganismes jouent un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes en permettant notamment l’exploitation et le recyclage des ressources nutritives. L’avènement des nouvelles technologies de séquençage (NTS) a eu un impact majeur dans l’appréhension de la diversité des microorganismes et leurs domaines d’applications sont nombreux (génomique, épigénomique, transcriptomique, métagénomique, ....), avec des spécificités d’analyse fonction des différents domaines. Cependant, leur utilisation par les biologistes reste fortement limitée à cause des difficultés de gestion et de traitement de ce type données. Peu de formations sont disponibles pour répondre spécifiquement à leur demande en génomique environnementale afin de décrypter la complexité du monde microbien et son interaction avec les paramètres biotiques et abiotiques dans les écosystèmes.
Objectifs
- Présenter l'état de l'art concernant les nouvelles technologies de séquençage (NTS) et leur application pour l’étude de la diversité des microorganismes dans l’environnement (vu d’ensemble sur les techniques; avantages, limites ; cas d’études).
- Donner les clés à travers des cas concrets et des TD pour être capable d’exploiter et de valoriser des données NTS.
Date et lieu
Du lundi 16 au vendredi 20 novembre 2015, au Centre de Recherche ISRA/IRD de Bel Air, à Dakar (Sénégal)
Les conférences du lundi 16 et du mardi 17 sont ouvertes à toutes les personnes intéressées.
La plaquette de la formation est disponible ici.
Le dossier de candidature peut être téléchargé ici.
Le programme est disponible ici.
Les candidatures sont à transmettre à herve.sanguin@cirad.fr et sergio.svistoonoff@ird.fr avant le 14 septembre 2015, 17h00 (heure française)
Comité d'organisation
D. Diouf (UCAD/LCM/LAPSE)
S. Fall (ISRA/LCM/LAPSE)
F. Mahé (Cirad/LSTM/IAVAO)
H. Sanguin (Cirad/LSTM/IAVAO)
S. Svistoonof (IRD/LSTM-LCM/LAPSE)